Die 1949 entstandene BSG Wismut Aue spielte als einzige Mannschaft von 1951 bis 1990 in der höchsten DDR-Spielklasse. Zwischen 1954 und 1963 gewann sie drei DDR-Meisterschaften und einen Pokalsieg. Nach dem Rückzug der Wismut GmbH 1992 wurden neue Sponsoren gesucht. Wichtigster Gewinn waren hierbei die Unternehmerbrüder Helge und Uwe Leonhardt. Sie brachten gemeinsam mit dem Vorstand den Verein mit Kontinuität und wirtschaftlicher Solidität schrittweise wieder nach vorn. Zunächst bekam der FC Wismut einen neuen Namen, welcher den Verein als Aushängeschild der Region darstellen sollte. So wurde er 1993 in FC Erzgebirge Aue umbenannt und qualifizierte sich für die neueingeführte Regionalliga Nordost und 2000 für die neu gegründete Regionalliga Nord. 2003 gelang der Aufstieg in die 2. Bundesliga. 2008 stieg Aue in die neugegründete 3. Liga ab. 2010 gelang der Wiederaufstieg in die 2. Bundesliga, in der man bis auf die Saison 2015/16 verblieb. 2022 stieg der FCE wieder in die 3. Liga ab.

Pavel Dotchev, Sportchef und Interimstrainer, musste trotz seiner Verdienste um den FCE im Sommer 2022 seinen Posten räumen. Aufbruch hieß es im Erzgebirge und dazu gehörte mit Bayreuths Aufstiegstrainer Timo Rost auch ein neuer Cheftrainer. Wie für einen Zweitligaabsteiger üblich gab es einen großen Umbruch. Nach schwacher Hinserie auf einem Abstiegsrang und Rauswurf von Trainer Timo Rost brachte erst der Wechsel von Rost über Interimstrainer Carsten Müller wieder zu Pavel Dotchev die Wende. Präsident Helge Leonhardt verkündete seinen Rücktritt, was nach massivem Druck aus Fan- und Sponsorenlandschaft unvermeidbar war. Neuer Sportdirektor wurde mit Matthias Heidrich ein Altbekannter. Die Mannschaft schloss die triste Saison letztlich als 14. ab.

Im Sommer verließ nach sieben Jahren Dimitrij Nazarov den FCE, wechselte nach Offenbach. Weitere Kreativköpfe wie Sam Schreck (Bielefeld) und Antonio Jonjic (Wehen Wiesbaden) galt es zu ersetzen, Tom Baumgart wechselte zum HFC, die weiteren Abgänge betrafen eher keine Unterschiedsspieler. Bei neuen Spielern bediente sich Aue v.a. in der Regionalliga (Joshua Schwirten, Steffen Meuer, Sean Seitz, Louis Lord, Niko Vukancic). Top-Transfer war Marcel Bär, der von 1860 München kam, Torschützenkönig der Saison 2021/22. Der ballsichere Mirnes Pepic (SV Meppen) sollte die entstandenen Lücken im Mittelfeld kompensieren.

Obwohl der Kader insgesamt qualitativ eher nicht zugelegt hatte, lief die Saison zunächst sehr gut (14 Punkte aus den ersten sechs Spielen). Die Tendenz ist in den letzten Wochen des Jahres 2023 jedoch etwas nach unten gekippt. Der FCE ist im Mittelfeld angekommen, aus einer Menge Ballbesitz entstand letztlich zu wenig Gefahr vorm gegnerischen Tor. Eine schnelle Zweitliga-Rückkehr ist derzeit nicht in Sicht, ein Absturz nach unten jedoch auch nicht. Die Ergebnisse in 2024 lauten bisher 2:1 gegen Essen, 0:1 in Sandhausen, 2:0 gegen Lübeck und 0:0 gegen 1860 München.

Das Hinspiel im September endete aus HFC Sicht unglücklich mit 1:3, das letzte Heimspiel gegen den FCE gewann der HFC im April mit 5:2. Insgesamt gewann der HFC in der 3. Liga zweimal gegen den FCE, verlor zweimal und ein Spiel endete unentschieden.