Während der HFC nach langen Jahren voller Entbehrungen erst im Jahr 2012 den Sprung in die 3. Liga schaffte, nahm der FCC einen umgekehrten Weg. Über die Regionalliga Nord ging es in die 2. Bundesliga (2006 – 2008), hiernach folgten vier Jahre 3. Liga. Im Sommer 2012 musste der FCC den bitteren Weg in die Regionalliga Nordost antreten. Drei Saisons (2017 – 2020) spielten beide dann noch einmal gemeinsam in der 3. Liga, dann musste der FCC wieder hinunter in die Regionalliga. Nun sind beide wieder vereint. Dies war im Übrigen auch in der Saison 1991/92 der Fall, als beide in der damaligen 2. Bundesliga Süd spielten. Insgesamt fand dieser Ostklassiker bislang 77 Mal statt. 17 Siegen des HFC stehen 37 Siege des FCC und 23 Unentschieden gegenüber. Der letzte Sieg des FCC datiert vom 28.01.2018. Trainer des FCC war damals Mark Zimmermann, nun Cheftrainer des HFC. Auch Jan Löhmannsröben spielte seinerzeit für den FCC. Hiernach dominierte der HFC mit 3 Siegen bei einem Unentschieden.

Der FCC spielt nach dem Abstieg aus der 3. Liga im Jahr 2020 nunmehr die fünfte Spielzeit in Folge in der 4. Liga. Während es in den ersten Jahren noch so aussah, als könne der FCC um den Aufstieg mitspielen, musste er in der vergangenen Spielzeit die Erwartungen zurückschrauben. Nach einem vierten und zwei zweiten Plätzen in den ersten drei Jahren reichte es für Jena in der vergangenen Spielzeit nur noch zum siebten Rang. Nun soll die Leistungskurve in dieser Saison wieder nach oben zeigen. Schließlich erstrahlt der FCC in neuem Glanz. Nach jahrelanger Planungs- und Umbauzeit wurde die neue ad hoc Arena im Ernst-Abbe-Sportfeld am 30. Juli mit einem Freundschaftsspiel gegen den italienischen Zweitligisten Sampdoria Genua, vor 36 Jahren der bis dato letzte Gegner von Jena im Europapokal, feierlich eingeweiht. In der rundum erneuerten, funktionalen Arena finden mehr als 15.000 Zuschauer Platz. Hierbei war auch das Zeiss-Logo zu sehen, da Carl Zeiss beim FCC wieder eingestiegen ist. Der Weltkonzern zog sich 2001 aus dem Fußball zurück, konzentrierte sich auf Wirtschafts- und Kulturförderung. Jetzt erfolgte ein Umdenken, was dem FCC eine gute sechsstellige Summe einbringt. Diese soll aber nicht nur den Profis helfen, sondern auch zu gleichen Teilen an die Erstliga-Frauen und den Nachwuchs gehen.

Im Sommer wurde das Team neu formiert. Etliche Abgänge (darunter Burim Halili zum HFC) mussten ersetzt werden. Vom Erzrivalen Rot-Weiß Erfurt holte Sportdirektor Stefan Böger den Flügelspieler Kay Seidemann, bei den Fans umstritten wegen früherer markiger Sprüche gegen Jena, und Erik Weinhauer (mit bisher erzielten elf Treffern ein absoluter Volltreffer). Ex HFCer Sören Reddemann kam als Abwehrchef vom Drittligaabsteiger VfB Lübeck.

Der FCC erwischte einen Traumstart in die Saison, holte 18 Punkte aus den ersten sechs Spielen. Auch in der ersten Hauptrunde des DFB-Pokals schlug sich der FCC tapfer und unterlag nach hartem Kampf nur unglücklich 0:1 gegen Bayer Leverkusen. Und dies, obwohl mit Mittelfeldmann Justin Petermann (Außenbandverletzung im Knie), Linksverteidiger Justin Smyla (Außenbandriss im Sprunggelenk) sowie den Offensivstützen Elias Löder (Knöchelbruch) und Cemal Sezer (Knieverletzung) vier potenzielle Stammspieler nach und nach fehlten. Es wurde daher Angreifer Ted Tattermusch (zuletzt BVB II) verpflichtet. Ab dem 7. Spieltag war allerdings Sand im Getriebe. Niederlagen in Altglienicke und daheim gegen Lok Leipzig folgte ein Unentschieden in Eilenburg, nun ist Jena nach dem 2:0 gegen Viktoria Berlin wieder in der Spur.